ગુજરાત દિલ્લીના સુલતાનોના હાથમાં ગયું. દિલ્લીના શાસકો અહીં સૂબાઓ નીમતા. સૂબાઓ જુલમ કરીને પૈસા ઉઘરાવતા. સૂબાઓનું રાજ્ય સોએક વર્ષ ચાલ્યું. દિલ્લીમાં ગાદી માટે કાવાદાવા ચાલતા હતા ત્યારે ગુજરાતના સૂબા ઝફરખાંએ દિલ્લીનું આધિપત્ય ફગાવી દીધું અને ગુજરાતના પ્રથમ સુલતાન તરીકે મુઝફ્ફર શાહ નામ ધારણ કર્યું. મુઝફ્ફર શાહના ઉત્તરાધિકારી તેમના પૌત્ર અહમદ શાહે ઈ. સ. ૧૪૧૧ માં સાબરમતી નદીના તીરે અમદાવાદનો પાયો નાખ્યો. અમદાવાદ વસ્યું એટલે કર્ણાવતીના લોકો ત્યાં આવીને વસ્યા. પાટણની વસ્તી ઓછી થવા લાગી. અમદાવાદ વધવા લાગ્યું. કાંકરિયા તળાવ અહમદ શાહના દીકરા કુતુબુદ્દીને બંધાવ્યું. ઈ. સ. ૧૪૪૨ માં અહમદ શાહ મરણ પામ્યો. અહમદ શાહનો પૌત્ર મહંમદ શાહ પહેલો ઇતિહાસમાં મહંમદ બેગડા તરીકે પ્રસિદ્ધ થયો. મહંમદ બેગડાએ ચાંપાનેર અને જૂનાગઢ એમ બે ગઢ જીત્યા હતા. તેણે વાત્રકને કાંઠે મહેમદાવાદ શહેર વસાવ્યું. ત્યાં નદીના કાંઠે ભમ્મરિયો કૂવો અને ચાંદા – સૂરજનો મહેલ બંધાવ્યો. નરસિંહ મહેતા આ સમય દરમિયાન થઈ ગયા. વિખ્યાત સંત શાહઆલમની શુભેચ્છાઓ અને સલાહ બેગડાને મળ્યાં. મહંમદ બેગડાનો દીકરો સુલતાન મુઝફ્ફર બીજો સંત સુલતાન હતો.
ગુજરાતનો છેલ્લો બાદશાહ બહાદુર શાહ હતો. તેણે માળવા જીત્યું અને ચિત્તોડ પર ચઢાઈ કરી. ચિત્તોડની રાણી કર્ણાવતીએ દિલ્લીના બાદશાહ હુમાયુને રાખડી મોકલી. હૂમાયુએ ધર્મની બહેનને મદદ મોકલી. બહાદુર શાહ હારીને દીવમાં છુપાયો અને ત્યાં જ તેનું મોત થયું. ત્યારબાદ ગુજરાત મોગલોના હાથમાં સરી ગયું. અકબરે ગુજરાત જીત્યા પછી મોગલ શાહજાદાઓ ગુજરાતના સૂબા તરીકે આવતા. જહાંગીરના શાસન દરમિયાન અંગ્રેજોએ હિંદમાં વેપાર કરવાની પરવાનગી મેળવી. આના પરિણામે ઈ. સ. ૧૬૧૨ માં અંગ્રેજોએ સુરતમાં પહેલ-વહેલી વેપારી કોઠી નાખી. મોગલ સામ્રાજ્યના અંત ભાગમાં મરાઠા સરદારોએ સુરત , ભરુચ અને અમદાવાદ શહેર પર અનેક આક્રમણો કર્યાં. છત્રપતિ શિવાજીએ સુરત પર બે વખત ( ઈ. સ. ૧૬૬૪ અને ૧૬૭૨ માં) આક્રમણ કર્યું. ગુજરાતના બંદરોએ પોર્ટુગીઝ, વલંદા અને અંગ્રેજોનું આગમન થઈ ચૂકયું હતું. અંગ્રેજ લોકો વેપાર સાથે પોતાની લશ્કરી તાકાત પણ વધારતા ગયા અને આસાનીથી ગુજરાત કબજે કરી લીધું.